В музее содержится богатое собрание произведений японского искусства, значительную часть которого составляют предметы периода правления рода Токугава (1603–1868 годы).
В Эрмитаже хранятся более 8 тысяч произведений японского декоративно-прикладного и изобразительного искусства. Здесь можно увидеть цветные ксилографии, авторы которых — Судзуки Харунобу, Утагава Куниёси, Кацусика Хокусай и другие известные художники. Имеются в собрании и нэцкэ, датируемые XVII–XIX веками и демонстрирующие мастерство резчиков. Дополняет экспозицию холодное оружие Японии, фарфоровые и керамические изделия, лаки XIV–XX веков, ткани и традиционные костюмы.